El fondo manuscrito de la Real Biblioteca está formado por textos muy diversos. Uno de los más antiguos es el conocido "Libro de horas de Isabel la Católica" aunque en realidad perteneció originalmente a su suegra, Juana. Junto a este hay una pequeña colección de libros de horas bellamente miniados. A Carlos III debemos la incorporación de más manuscritos en una colección donde el libro impreso era el preponderante. Ingresan por tanto, manuscritos de lenguas de América reunidos por Celestino Mutis en 1787, fruto de sus expediciones en el continente americano por iniciativa de este monarca. En época de su hijo, Carlos IV, se incorpora parte de la biblioteca del conde de Gondomar que, además de una valiosa colección de impresos, reúne una copiosa correspondencia, entre las que destaca la del cardenal Granvela. Otros fondos proceden del Archivo General de Simancas y de la Secretaría de Gracia y Justicia como los manuscritos de Francisco de Zamora, Manuel José de Ayala, Areche y la colección Muñoz, por citar los más representativas.
A diferencia de otras bibliotecas no hay muchos textos en otras lenguas en escritura no latina, pero si se cuenta con varios textos persas, entre ellos un extraodinario Shahnameh con ilustraciones evocadoras, algunos manuscritos árabes, así como otros en escritura china sin olvidar por supuesto la griega.
En esta sección se incluirán progresivamente los manuscritos digitalizados.
Contiene: 1. [Ded.] Al muy Illustre Señor Don Alexo Manuel de Montalbo [...] Marqués de Torreblanca..., H. [3-6v] ; 2. Acróstico Soneto al señor Marqués, H. [7-7v, fechado por el autor en 1763]; 3. Elogio de don Manuel López, cura de Zayas de Torre, H. [8-9v]; 4. De otro cura del Obispado de Osma, amigo del Autor... [firmado A.G.C.], H. [10v]; 5. Elogios al Author del P. Fr. Francisco Xavier su Amigo H. [11-11v]; 6. Del Rvmo P. Obregón, In Laudem Aucthoris, et operis Acrostico, H. [12-13v]; 7. Prólogo, H. [14-14v]; 8. Carta del señor Obispo de Osma [Bernardo Antonio Calderón Lázaro] aprobando el poema, en 9 de febrero de 1767, H. [15-15v]; 9. Al retrato del venerable... Soneto, H. [16]; 10. [Retrato grab. de Palafox y Mendoza], H. [17]
Resumen: Historia del virreinato de la Nueva España con enfoque más institucional que histórico, en perspectiva gubernativa y administrativa. Se trata de los territorios novohispanos provincia a provincia en sus autoridades eclesiásticas y civiles y su sucesión, tras hacerse descripción geográfica de ellas.
Contiene: f. 1r-v PROL.: Tengo el honor de poner en manos de V. Excelencia este índice raciocinado de las varias obras que sobre las materias de Indias he compuesto... [Firma y rúbrica de Manuel José de Ayala].
