El fondo manuscritos de la Real Biblioteca está formado por diversas procedencias: conde de Gondomar, cardenal Granvela, Mansilla, el oidor Francisco de Bruna o el chantre de Teruel, por citar las más representativas.
En esta sección se incluirán progresivamente los manuscritos digitalizados.
Vol. I: [Libros 1-9] f. 1r-2v: A la S.C.R.M. Dn. Phelipe segundo deste nombre... Fr. Pedro de Aguado, fraile menor... f. 3r-7v: Prohemio al lector. -- Vol. II: Libros 10-15.
4 v. ([5] h.+235 f.+[2]h ; [2] h.+326 f.+ [1] h. ; [1] h. IV f.+378 p.+[1] h. ; [1] h.+125f.+[2] h.) : papel y perg. ; 350/295x205/240 mm. + 2 map. sueltos (920x650 mm.; 650x850 mm) ; V. II: 1 h. pleg. de 295x420 mm